据祁门县政府新闻办7月3日通报，该县5农民离奇死亡的原因已查明。经中科大等高校的 相关专家实地考察，为山坳底部二氧化碳大量聚集引发的窒息死亡。

6月30日傍晚，中国科技大学、合肥工业大学、安徽农业大学等相关专家，实地查看了事发地祁山镇 新岭村周家组门堂坞，并结合天气情况、气象资料、局部地形和环境检测结果，一致认为事发地门堂坞微环境形成的原因如下：6月26日至27日，当地天气以阴雨为主，光照时间少，尤其早上和傍晚时，植物以呼吸作用为主，会消耗氧气，产生二氧化碳；山坳内植被丰富，谷底及周边土壤层含有大量腐殖质，腐殖质分解过程中消耗氧气，同时向空气中释放二氧化碳。经检测，二氧化碳密度大于空气密度，容易在山坳底部聚集，形成“二氧化碳湖”，同时迫使空气层上移，造成底部氧气含量降低。

据介绍，事发现场当时湿度较大，风速低，大气稳定度高，空气湍流运动受到抑制。同时，事发现场的山坳为漏斗状，由两面山体、一面茶园形成山谷以及堆土场组成，底部的狭小区域内空气流动更差，造成底部区域积累的二氧化碳不能向外扩散，外界空气不能进入谷底，造成山坳底部缺氧。祁门县位于黄山西麓，多高山密林，号称“九山半水半分田”，著名的祁门红茶即产于此地。上山挖姜是当地村民一项重要的收入补充。6月26日该县小路口镇大丰村吴某某夫妻二人到山上挖生姜后未归。27日早晨，村民上山寻找，在祁山镇新岭村周家组门堂坞的一个深坑中发现吴某某夫妻，遂下坑营救， 3名村民在下坑施救过程中晕倒。之后5人抢救无效死亡。当时警方推测可能与生姜腐烂释放有毒气体有关。